Το βραχύ πρωτόκολλο ή flare-up χρησιμοποιείται στις περιπτώσεις εκείνες όπου το μακρύ απέδωσε λίγα ωάρια ή όταν για τεχνικούς λόγους που αφορούν την ασθενή το πρωτόκολλο πρέπει να είναι σύντομο. Σε αυτές τις περιπτώσεις η καταστολή ξεκινά από τη δεύτερη μέρα του κύκλου και η διέγερση την επόμενη. Υπερηχογράφημα και βιοχημικός έλεγχος διενεργείται την 8η ημέρα και το πρωτόκολλο συνολικά κρατά περίπου 12-14 ημέρες.